Недавно мне пришлось отвечать на очередной вопрос клиента на тему некорректной работы выплывающих окон в 1С, работающей в режиме RemoteApp. На самом деле проблема достаточно старая и затрагивает работу клиента RDP версий 6.0-7.1, работающего на ОС Windows Vista\7 с серверами Windows Server 2008\2008R2 вплоть до SP1.
Выражается проблема в основном двумя типовыми сценариями:
  1. Основное окно сессии пользователя теряет фокус, делая невозможным работу с программой
  2. Всплывающие диалоговые окна не появляются на экране, а точнее – появляются под активным окном(а не над).
Быстрый исправить ситуацию можно с помощью хоткеев Alt+Tab или Alt+Esc для 1C, однако работа пользователей в таком режиме врядли будет приятной.
в большинстве случаев проблема решалась с помощью пакета исправлений. К сожалению, содержимое патча не попало в релиз SP1 для Windows 7 и Windows Server 2008 R2 и было выпущено отдельно, однако сейчас можно пользоваться объединенным декабрьским пакетом исправлений, который подходит как для RTM-версии, так и для SP1-версии ОС. Также туда вошли исправления для ряда других артефактов RDP, не связанных с модальными окнами. Скачать данный пакет исправлений можно по ссылке -http://support.microsoft.com/kb/2604066
Если вы испытываете другие проблемы с работой Remote Desktop Services, можете обратиться к списку доступных апдейтов - http://support.microsoft.com/kb/2601888

Источник: здесь